Основу исследовательской инфраструктуры Института составляют уникальные научные установки и стенды (УНУ), в настоящее время их более 40. С использованием УНУ выполняется большинство научных проектов Института, проводится большое количество совместных исследований в рамках научно-технического сотрудничества с ведущими российскими и международными научными организациями и университетами. На базе УНУ работают три центра коллективного пользования (ЦКП).

Шесть объектов научной инфраструктуры Института получали поддержку в рамках Федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научного-технологического комплекса" (ФЦПИР) в 2007-2013 гг. и индексируются в национальном реестре объектов научной инфраструктуры Российской Федерации на сайте ckp-rf.ru.

В 2014-2015 гг. в рамках ФЦПИР 14-20 Минобрнауки России поддержана Программа развития УНУ "Комплекс ДОЛ" (уникальный идентификатор проекта - RFMEFI61914X0003).

В 2017-2018 гг. в рамках ФЦПИР 14-20 Минобрнауки России поддержаны Программа развития и модернизации УНУ "Комплекс ВЭПП-4 – ВЭПП-2000" (уникальный идентификатор проекта - RFMEFI61917X0008) и Программа развития Сибирского Центра синхротронного и терагерцового излучения (уникальный идентификатор проекта – RFMEFI62117X0012)