Высшим органом Профсоюзной организации ИЯФ является конференция, которая проводится ежегодно в последнюю пятницу ноября. Очетно-перевыборные конференции проводятся через год.

В период между конференциями работу ведет Совет председателей, собирающийся на заседания 4-5 раз в год.

Текущая работа ведется Профкомом, избранным конференцией, комиссиями при Профкоме, профбюро подразделений.

Очетно-перевыборная конференция избирает также контрольно-ревизионную комиссию.

Профсоюзная организация ИЯФ входит в состав Объединенного комитета профсоюза ННЦ СО РАН, который, в свою очередь, - в состав Профсоюза работников Российской академии наук.

Численный состав Профсоюзной организации работников ИЯФ СО РАН Членами Профсоюзной организации ИЯФ СО РАН являются почти все сотрудники института, аспиранты ИЯФ, некоторые аспиранты не ИЯФ, сотрудники поликлинического отделения Центра новых медицинских технологий и 450 ветеранов: всего 3083. Не членами профсоюза являются следующие 10 штатных сотрудников.