Сибирский центр синхротронного и терагерцового излучения специализируется на проведении фундаментальных и прикладных исследований, связанных с использованием пучков синхротронного и терагерцового излучения, на разработке и создании экспериментальной аппаратуры и оборудования для таких работ, на разработке и создании специализированных источников синхротронного и терагерцового излучения.

Центр коллективного пользования "Геохронология кайнозоя" (ЦКП "Геохронология Кайнозоя", на базе ИАЭТ СО РАН) специализируется на решении фундаментальных задач в археологии, геологии и смежных науках естественнонаучными методами.

Сибирский центр фотохимических исследований и технологий (на базе ИХКиГ СО РАН) специализируется на проведении фотохимических исследований и разработке технологий с использованием излучения Новосибирского лазера на свободных электронах.