Институт уделяет большое внимание подготовке и росту новых поколений ученых. Каждый год около 150 студентов и аспирантов двух новосибирских ВУЗов — Новосибирского Государственного Университета (НГУ) и Новосибирского Государственного Технического Университета (НГТУ) проходят практику в ИЯФ, где созданы все условия для быстрого научного роста. В аспирантуре Института проходят обучение несколько десятков молодых исследователей по основным научным специальностям ИЯФ СО РАН.

В настоящее время около 50% научных сотрудников института являются выпускниками НГУ и около 20% — выпускниками НГТУ. Эффективность принятой системы обучения (студент - стажер - исследователь) подтверждается цифрами: более 100 кандидатов наук и 25 докторов наук начали свою карьеру в институте в качестве студентов.